Ci sono otto principali gruppi sanguigni riconosciuti nei cavalli. Sette di loro, A, C, D, K, P, Q e U, sono riconosciuti a livello internazionale, con un ottavo, T, che viene utilizzato principalmente nella ricerca.

Ogni gruppo sanguigno ha almeno due fattori allelici (ad esempio, il gruppo sanguigno A ha a, b, c, d, e, f e g), che possono essere combinati tra loro (Aa, Afg, Abedg, ecc. ), per creare molti alleli diversi (fattori fenotipici).

Ciò significa che i cavalli possono avere circa 400.000 combinazioni alleliche, consentendo di utilizzare gli esami del sangue come metodo accurato per identificare un cavallo o determinarne la parentela.

A differenza degli umani, i cavalli non producono naturalmente gli anticorpi contro gli antigeni dei globuli rossi che non possiedono; ciò si verifica solo se sono in qualche modo esposti ad un diverso tipo di sangue, ad esempio attraverso le trasfusioni.

Idealmente, prima di ogni trasfusione andrebbe controllata la compatibilità donatore-ricevente (molto difficile in pratica). Il "donatore universale" ideale, in campo equino, é un cavallo castrone che non abbia mai ricevuto una trasfusione di sangue, di razza non purosangue, di gruppo sanguigno Aa, Ca e Qa negativo.

Incrociare una cavalla con uno stallone di diverso gruppo sanguigno (o con un asino) può causare il rischio di isoeritrolisi neonatale nel caso in cui il puledro erediti il gruppo sanguigno dello stallone.

L´isoeritrolisi neonatale é una malattia immunomediata che consiste nella distruzione dei globuli rossi di un puledro neonato causata da anticorpi prodotti dalla fattrice e assunti con il colostro. I puledri di fattrici con anamnesi di isoeritrolisi non devono assumere il colostro della mamma (ma una fonte alternativa). Per questo é importante pianificare il parto e le prime cure del puledro con un veterinario "neonatologo".